Secara mikroskopis atau histologis, dinding saluran cerna terdiri dari empat lapisan, yaitu:

• Tunika mukosa
  • Terdiri dari lapisan epitel yang membatasi lumen saluran cerna, lamina propria, dan tunika muskularis mukosa yang memisahkan mukosa dengan submukosa.
  • Sel epitel memiliki banyak fungsi, yaitu absorbsi (pertukaran air, elektrolit, serta nutrien), sekresi enzim, serta sebagai barier yang banyak mengandung sel imun.
  • Lamina propria merupakan lapisan dibawah lapisan epitel yang banyak mengandung saluran limfa, pembuluh darah, dan ujung-ujung saraf aferen maupun eferen.

• Lapisan submukosa
  • Terdiri dari jaringan ikat elastis serta pembuluh darah dan limfa.
  • Terdapat pleksus saraf Meissner yang berfungsi untuk mempersarafi lapisan epitel dan mukularis mukosa.

• Tunika muskularis
  • Tersusun dari jaringan otot polos sirkuler dan longitudinal.
  • Di antara lapisan otot sirkuler dan longitudinal usus halus, terdapat kumpulan sel ganglion yang disebut dengan plexus Auerbach’s.

• Tunika serosa, yaitu jaringan ikat terluar yang menghasilkan cairan serous.

• Terdapat empat lapisan utama: mukosa, submukosa, muskularis eksterna, dan adventitia
• Mukosa esofagus terdiri dari epitel skuamosa berlapis nonkeratin, sangat cocok untuk melindungi dari gesekan, abrasi, dan cedera.

• Submukosa
  • Jaringan ikat (+ pembuluh darah dan limfa yang besar, ++ sel limfoid, makrofag, dan sel mast)

• Muskularis
  • Tiga lapisan otot
  • Terjadi kontraksi ritmik muskularis: mencampur makanan dan kimus yang tertelan dengan mukus, HCl, dan enzim pencernaan

• Serosa

•  Mukosa
  • Muskularis mukosa (otot polos), menghasilkan gerakan ritmik vili yang meningkatkan efisiensi absorpsi.

• Submukosa
  • Karena dekat lambung, terdapat kelenjar duodenum (Brunner), lendirnya bersifat basa (pH 8,1-9,3), menetralkan kimus yang memasuki duodenum dari pilorus dan membawa isi usus ke pH optimum untuk kerja enzim pankreas.
  • Ciri khas ileum, lamina propria dan submukosa mengandung mucosa-associated lymphoid tissue (MALT), terdiri dari Peyer’s Patch.

• Muskularis
  • Auerbach: menghasilkan peristaltic
  • Auerbach + Meissner = sistem saraf enterik besar.

• Serosa
  • Usus ditutupi dengan mesothelium terus menerus dengan mesenterium.

• Mukosa rectum:
  • Epitel kolumnar sederhana
  • Tidak memiliki vili
  • Mereka hampir hanya terdiri dari sel goblet

• Submukosa rectum:
  • + Sinus pleksus vena rektal/pleksus hemoroid

• Mukosa dan submukosa kanalis analis membentuk beberapa lipatan longitudinal (kolumna anal/morgagni)
• Pleksus hemoroid: sekelompok vena yang mengelilingi rektum, mempertahankan kontinensia anal.

• Parenkim hepar terdiri dari ribuan lobulus hati kecil.
• Terdapat hepatosit pada lobulus yang membentuk ratusan lempeng tidak teratur, tersusun secara radial di sekitar vena sentral kecil
• Di tepi (perifer) setiap lobulus, ada tiga sampai enam area portal, masing-masing berisi tiga struktur interlobular yang membentuk triad portal.

• Pankreas memiliki bagian eksokrin dan endokrin.
• Eksokrin terdiri dari 99% dari berat kelenjar dan terbuat dari asinus sekretori dan duktus.
• Sel asinar menghasilkan getah pankreas, mengandung enzim pencernaan
• Endokrin terdiri dari pulau-pulau Langerhans, menghasilkan beberapa hormon metabolisme karbohidrat (insulin dan glukagon).